一、确定申请类型
互联网药品信息服务分为经营性和非经营性两类。申请者需根据自身业务性质确定申请类型，经营性互联网药品信息服务是指通过互联网向上网用户有偿提供药品信息等服务的活动；非经营性互联网药品信息服务则是无偿提供服务。
二、准备申请材料
1. 《互联网药品信息服务申请表》：填写完整且准确，涵盖企业基本信息、网站相关信息等内容，并加盖企业公章。
2. 企业营业执照副本复印件：确保复印件清晰，能有效证明企业的合法经营身份，同样需加盖公章。
3. 网站域名注册的相关证书或者证明文件复印件：用于表明网站域名的合法性与所属权。
4. 网站栏目设置说明：详细描述网站所设的各个栏目，包括但不限于药品资讯、药品数据库、用药指导等栏目规划与定位。
5. 网站对历史发布信息进行备份和查阅的相关管理制度及执行情况说明：体现网站对信息管理的规范性与可追溯性。
6. 食品药品监督管理部门在线浏览网站上所有栏目、内容的方法及操作说明：方便监管部门进行审查。
7. 药品及医疗器械相关专业技术人员学历证明或者其专业技术资格证书复印件、网站负责人身份证复印件及简历：证明企业具备专业的药品信息服务人员力量。
8. 健全的网络与信息安全保障措施，包括网站安全保障措施、信息安全保密管理制度、用户信息安全管理制度：确保网站运营及用户信息的安全性。
9. 保证药品信息来源合法、真实、安全的管理措施、情况说明及相关证明：从信息源头保障药品信息的质量。
三、提交申请
申请者将准备好的材料递交至所在地省级药品监督管理部门的受理窗口。部分地区可能支持线上申请，申请者需按照当地规定的线上申请流程，在指定平台上传申请材料的电子文档。
四、材料审核
省级药品监督管理部门收到申请材料后，会对材料的完整性、合规性进行审核。若材料存在缺失、错误或不符合要求的情况，会通知申请者在规定时间内补充或修正材料。
五、现场检查（视情况而定）
对于部分申请，药品监督管理部门可能会安排工作人员对申请者的办公场所、网站运营设施等进行现场检查。主要检查实际情况与申请材料是否相符，网络与信息安全保障措施是否落实到位等。
六、审核决定
经审核及现场检查（如有）合格后，省级药品监督管理部门将作出准予许可的决定，并颁发《互联网药品信息服务资格证书》；若审核不通过，则会书面告知申请者不予许可的理由，申请者可根据反馈意见进行整改后重新申请。