一、法律合规层面影响
1. 一旦互联网药品信息服务资格证书过期，企业继续从事相关互联网药品信息服务活动将被视为违法违规行为。药品监督管理部门可依据相关法律法规对企业进行处罚，包括但不限于罚款。罚款金额依据违法情节轻重而定，可能处于数万元到数十万元不等的区间，严重情况下罚款金额可更高，这将直接增加企业的财务成本与运营风险。
2. 企业可能面临责令限期整改的要求，在整改期间需暂停互联网药品信息服务业务，这会导致业务中断，影响企业的正常运营流程与客户服务连续性，进而可能造成客户流失与市场份额的缩减。若整改后仍不符合要求或者逾期未完成整改，可能面临更为严厉的处罚措施，如吊销营业执照等，使企业面临生存危机。
二、业务运营层面影响
1. 网站关停风险。证书过期后，监管部门有权要求企业关闭涉及药品信息服务的网站或相关网络平台。这意味着企业前期在网站建设、维护以及内容运营方面投入的大量人力、物力和财力资源将无法继续发挥效益，且网站重新上线需要重新走申请流程并等待审批通过，耗时较长，期间企业无法通过互联网渠道开展药品信息推广与服务，业务拓展受限严重。
2. 信任度受损。对于消费者和合作伙伴而言，互联网药品信息服务资格证书是企业合法合规运营的重要标志。证书过期会使他们对企业的信任度大幅下降，消费者可能会因担心信息的可靠性与安全性而不再浏览企业网站或使用相关服务，合作伙伴在合作意向、合作条件以及合作深度上也会重新评估，甚至终止合作关系，这对企业的品牌形象与商业信誉造成难以估量的负面影响，重建信任与恢复合作关系难度极大。
三、市场竞争层面影响
1. 竞争劣势凸显。在竞争激烈的医药市场环境中，其他持有有效证书的企业能够持续稳定地开展互联网药品信息服务，通过网络平台进行药品推广、患者教育、在线咨询等业务活动，吸引更多客户资源与市场份额。而证书过期的企业被迫中断服务，在市场竞争中处于被动挨打局面，原本的市场份额易被竞争对手蚕食，且在后续重新进入市场时，需要付出更多努力来弥补失去的时间与机会成本，重新赢得市场竞争地位面临巨大挑战。
2. 行业准入受限。一些医药行业相关的项目合作、资源整合以及市场拓展活动往往要求企业具备有效的互联网药品信息服务资格证书。证书过期后，企业在参与这些活动时将受到限制，无法获取新的行业资源与发展机遇，可能被排除在行业优质资源整合与合作圈之外，进一步阻碍企业的长远发展与战略布局实施。