申请互联网药品交易服务资格证，需按以下流程进行：
1. 确定申请类型：依据企业业务模式，明确申请的互联网药品交易服务资格证类型，主要分为A、B、C三种。A类为第三方交易服务平台，为药品生产企业、药品经营企业和医疗机构之间的互联网药品交易提供服务；B类为药品生产企业、药品批发企业通过自身网站与本企业成员之外的其他企业进行的互联网药品交易；C类为药品零售连锁企业通过自身网站向个人消费者提供的互联网药品交易服务。不同类型要求与材料有所差异。
2. 准备申请材料：
1）企业营业执照副本原件及复印件，复印件需清晰可辨，加盖企业公章，证明企业的合法经营身份与主体资格。
2）药品生产许可证或药品经营许可证原件及复印件，依据申请类型提供对应许可证，表明企业在药品生产或经营领域已获许可。
3）互联网药品交易服务的网站域名注册证书原件及复印件，确定网站的网络地址唯一性与合法性。
4）网站栏目设置说明，详细阐述网站的架构、各板块功能，如药品展示、交易流程、客户服务等板块的规划与布局。
5）企业药品交易管理制度文件，包括质量管理制度、交易流程规范、客户信息保护制度等，确保交易过程安全、合规、有序。
6）专业技术人员资质证明，如药师、网络技术人员等的资格证书、职称证书原件及复印件，证明企业具备专业人才保障交易服务的专业性。
7）企业法定代表人身份证明原件及复印件，确认企业负责人身份信息。
3. 提交申请：将准备齐全且符合要求的申请材料，提交至企业所在地省级食品药品监督管理部门。提交方式可依据当地规定，选择现场递交或网上申报系统提交，确保材料完整送达审核部门。
4. 审核环节：
1）形式审查：省级食品药品监督管理部门收到申请后，首先对申请材料的完整性、规范性进行形式审查。检查材料是否齐全、有无明显错误或遗漏、格式是否符合要求等。如材料不符要求，将在规定时间内通知企业补充或修正。
2）现场检查：形式审查通过后，进入现场检查阶段。监管人员对企业的办公场所、仓储设施（如涉及药品存储）、网站运营情况等进行实地核查。重点检查企业实际运营是否与申请材料相符、药品交易流程是否合规、质量控制措施是否到位等。
5. 审批决定：省级食品药品监督管理部门根据审核情况作出审批决定。若审核通过，将向企业颁发互联网药品交易服务资格证，并在其官方网站予以公示；若审核不通过，书面告知企业不予通过的原因，企业可在整改后重新申请。