互联网药品交易服务资格证的申请流程较为复杂，需严格遵循相关规定与步骤，以下为您详细介绍：
1. 申请条件确认：
企业需为依法设立的药品连锁零售企业。
已获得《药品经营许可证》，且在有效期内。
具有与开展业务相适应的药学专业人员。
具备与上网交易的药品相适应的药品配送系统。
有健全的网络与交易安全保障措施以及完整的管理制度。
2. 准备申请材料：
1）企业营业执照副本原件及复印件。
2）《药品经营许可证》原件及复印件。
3）企业GSP认证证书原件及复印件。
4）药学专业人员资格证书及聘书原件及复印件。
5）药品配送系统相关资料，如配送协议、配送企业资质等。
6）网络与交易安全保障措施说明材料，包括技术方案、安全防护设备清单等。
7）完整的管理制度文本，涵盖药品采购、储存、销售、配送等环节的管理规定。
8）企业法定代表人身份证明原件及复印件。
9）企业互联网药品交易服务的网站域名注册证书原件及复印件。
10）网站栏目设置说明，详细阐述各板块功能与药品交易的关联。
3. 网上申报：
登录国家食品药品监督管理总局网站的相关业务系统。
按系统提示注册企业账号并登录。
准确录入企业基本信息以及申请材料的相关内容。
上传申请材料的电子文档，确保文档清晰、完整且格式符合要求。
4. 审核环节：
省级食品药品监督管理部门收到申请后，对申报材料进行形式审查。
形式审查合格的，予以受理并出具受理通知书；不合格的，一次性告知申请人需补正的全部内容。
受理后，监管部门对企业的现场进行核查，重点检查人员资质、药品储存配送条件、网络交易系统安全性等方面是否符合要求。
根据申报材料与现场核查情况，审核人员进行综合评审，提出审核意见。
5. 公示与发证：
审核通过的企业，在相关网站进行公示，公示期一般为10个工作日。
公示无异议的，由省级食品药品监督管理部门发放《互联网药品交易服务资格证》。
企业在申请互联网药品交易服务资格证过程中，应密切关注申报进度，积极配合监管部门的审核工作，确保申请顺利进行。